События в аниме «Призрак в доспехах: Появление» разворачиваются в 2027 году, спустя год после окончания неатомной четвертой мировой войны. В Ньюпорт-Сити взрывается бомба, убивая торговца оружием, у которого могут быть связи с таинственной организацией 501. Сотрудник службы безопасности Арамаки нанимает хакера Мотоко Кусанаги помочь ему разобраться в этом деле.
Но детектив Тогуса, расследующий серию убийств проституток, которые, как он полагает, связаны с происшествием, полагает, что Кусанаги сам – преступник. Кроме того, за Кусанаги следит и полковник из организации 501.