Капитан Харлок восстал против союзных войск "Гала Санкции" и стал пиратом грабя космические корабли в течении ста лет. Почему он восстал? Что он задумал? Как он смог прожить сто лет? В страхе против легендарного капитана, Санкция отдает приказ уничтожить Харлока. Этот фильм является римейком оригинальной части Капитана Харлока.